Bahkan dengan sekutu militer Kolonel Roy Mustang, Letnan Riza Hawkeye, dan Letnan Kolonel Maes Hughes di pihak mereka, saudara-saudara itu mendapati diri mereka terjebak dalam konspirasi nasional yang menuntun mereka tidak hanya pada sifat sebenarnya dari Batu Bertuah yang sulit dipahami, tetapi juga negara mereka yang suram. Tiga tahun pencarian kemudian, saudara-saudara mencari Batu Bertuah, peninggalan mitos yang memungkinkan seorang alkemis untuk mengatasi Hukum Pertukaran Setara. Hancur dan sendirian, harapan bahwa mereka berdua pada akhirnya akan kembali ke tubuh aslinya yang memberikan inspirasi kepada Edward untuk mendapatkan anggota badan logam yang disebut “automail” dan menjadi alkemis negara bagian, Fullmetal Alchemist. Hanya dengan pengorbanan putus asa dari lengan kanan Edward dia mampu membubuhkan jiwa Alphonse ke baju zirah. Mereka membayar harga yang sangat mahal untuk pelanggaran mereka - Edward kehilangan kaki kirinya, Alphonse tubuh fisiknya.
“Agar sesuatu bisa diperoleh, sesuatu yang nilainya sama harus hilang.” Alkimia terikat oleh Hukum Pertukaran Setara - sesuatu yang baru disadari oleh Edward dan Alphonse Elric bersaudara muda setelah mencoba transmutasi manusia: satu tindakan alkimia yang dilarang.